연말정산 — 회사가 해야 할 일과 일정표 (중도 퇴사자·이직자 처리 포함)

연말정산은 근로자가 하는 일처럼 보이지만, 법적으로는 원천징수의무자인 회사가 하는 절차입니다. 근로자는 공제 자료를 제출할 뿐이고, 세액을 다시 계산해 환급하거나 추가 징수하고 신고까지 하는 주체는 회사입니다. 그래서 직원이 자료를 안 내도 회사는 정산을 끝내야 합니다.

회사 일정표

핵심 기한은 2월분 급여 지급 시 정산과 3월 10일까지 지급명세서 제출입니다. 지급명세서를 기한 내 제출하지 않으면 가산세가 붙습니다.

회사가 실제로 하는 일

1. 대상자 확정 — 해당 과세기간에 근로소득을 지급한 모든 사람입니다. 중도 퇴사자도 이미 퇴사 시점에 약식 정산을 마쳤어야 합니다.
2. 소득·세액공제 신고서 수령 — 부양가족 명세, 공제 항목을 근로자가 작성해 제출합니다. 증빙은 간소화 자료와 별도 증빙으로 나뉩니다.
3. 공제 요건 확인 — 부양가족 소득 요건, 중복 공제 여부를 확인합니다. 회사가 무조건 그대로 반영해야 하는 것은 아니고, 명백히 요건에 맞지 않는 항목은 확인을 요청해야 합니다.
4. 세액 계산과 정산 — 이미 원천징수한 세액과 결정세액의 차액을 환급하거나 추가 징수합니다.
5. 신고·제출 — 원천징수이행상황신고서와 지급명세서를 제출합니다.

부양가족 공제에서 가장 많이 틀리는 것

소득 요건입니다. 부양가족은 연간 소득금액 100만원 이하여야 합니다. 근로소득만 있다면 총급여 500만원 이하까지 인정됩니다.

• 아르바이트를 한 자녀, 연금을 받는 부모가 소득 기준을 넘으면 공제 대상이 아닙니다.
• 형제자매가 같은 부모를 중복해 공제하는 경우가 흔합니다. 한 사람만 공제받을 수 있습니다.
• 나이 요건도 있습니다. 직계존속은 만 60세 이상, 직계비속은 만 20세 이하가 기본입니다. 장애인은 나이 요건이 없습니다.

잘못 공제하면 나중에 국세청 점검에서 추징되고 가산세가 붙습니다. 이때 추징 대상은 근로자 본인이지만, 회사도 원천징수 과정에서 확인 의무를 다했는지 문제가 될 수 있습니다. 신고서에 근로자 확인 서명을 받아 두세요.

중도 퇴사자

퇴사 시점에 그해 근로소득에 대해 약식 정산을 합니다. 기본공제 등 최소한의 공제만 반영해 계산하고 원천징수영수증을 발급합니다.

퇴사자는 두 가지 중 하나로 마무리합니다.

• 그해 안에 다른 회사에 입사하면, 새 회사에 전 직장 원천징수영수증을 내고 합산해 연말정산을 받습니다.
• 재취업하지 않았다면 다음 해 5월 종합소득세 신고로 공제를 추가 반영합니다.

퇴사 처리 전체 절차는 퇴사 처리 14일 체크리스트에 정리했습니다.

중도 입사자(이직자)

전 직장 근로소득을 합산해서 정산해야 합니다. 직원에게 전 직장 원천징수영수증을 받으세요. 받지 못하면 현 직장 소득만으로 정산되고, 직원은 다음 해 5월에 종합소득세로 정리해야 합니다.

합산을 빠뜨리면 세액이 과소 계산돼 나중에 추징됩니다. 입사 서류 목록에 전 직장 원천징수영수증을 넣어 두면 1월에 허둥대지 않습니다.

자료를 안 내는 직원

제출을 강제할 방법은 없습니다. 자료가 없으면 기본공제 등 확인 가능한 항목만 반영해 정산하면 됩니다. 회사가 정산 자체를 생략할 수는 없습니다.

이 경우 직원은 대부분 추가 징수가 나오거나 환급이 줄어듭니다. 본인이 다음 해 5월에 종합소득세 신고로 공제를 반영할 수 있다는 점을 안내하고, 안내한 사실을 기록으로 남기세요.

추가 징수가 크게 나왔을 때

추가로 낼 세액이 일정 금액을 넘으면 분납할 수 있습니다. 2월, 3월, 4월 급여에서 나누어 징수하는 방식입니다. 직원이 신청하면 회사가 처리합니다.

추가 징수는 대체로 매월 원천징수를 적게 해 왔기 때문에 발생합니다. 간이세액표 적용 비율(80%, 100%, 120%)을 직원이 선택할 수 있으므로, 2월에 추가 징수가 컸던 직원에게는 비율 조정을 안내하는 것이 실무적입니다.

비과세 항목이 정산에 미치는 영향

식대, 자가운전보조금 같은 비과세 수당은 과세 대상 급여에서 빠집니다. 매월 원천징수 단계에서 이미 제외돼야 하고, 연말정산에서 다시 계산됩니다.

비과세 요건을 갖추지 못한 항목을 비과세로 처리해 왔다면 연말정산에서 드러납니다. 요건과 한도는 비과세 수당 총정리를 참고하세요.

정산이 끝난 뒤

• 원천징수영수증 보관 — 직원이 대출, 이직, 관공서 제출용으로 자주 요청합니다. 요청 시 발급해야 합니다.
• 지급명세서 제출 확인 — 제출 내역과 실제 지급액이 맞는지 확인합니다.
• 기록 보존 — 근로소득 원천징수 관련 자료는 5년 보존입니다. 보존기간이 지난 자료는 파기해야 합니다. 기준은 인사기록 개인정보 관리에 있습니다.
• 소득·세액공제 신고서의 개인정보 — 부양가족 주민등록번호가 들어 있습니다. 접근 권한을 담당자로 제한하고 별도 보관하세요.

정리

• 연말정산의 주체는 회사입니다. 직원이 자료를 안 내도 정산은 해야 합니다.
• 2월분 급여 지급 시 정산, 3월 10일까지 지급명세서 제출이 핵심 기한입니다.
• 부양가족 소득 요건과 중복 공제가 가장 흔한 오류입니다. 확인 서명을 받으세요.
• 중도 퇴사자는 약식 정산, 이직자는 전 직장 소득 합산입니다.
• 추가 징수가 크면 분납이 가능하고, 간이세액표 비율 조정을 안내할 수 있습니다.
• 공제 신고서에는 가족 주민등록번호가 들어갑니다. 보관과 파기를 관리하세요.

GI-JUN은 매월 임금명세서에서 과세·비과세 항목을 나눠 기록하므로, 연말정산 시점에 과세 대상 급여를 다시 집계할 필요가 없습니다.

자주 묻는 질문

Q. 직원이 퇴사한 뒤에 연말정산 서류를 달라고 합니다. 발급해야 하나요? 발급해야 합니다. 퇴사 시 약식 정산한 원천징수영수증을 다시 발급하면 됩니다. 퇴직 후에도 요청이 오면 응하는 것이 원칙입니다.

Q. 일용직 근로자도 연말정산을 하나요? 하지 않습니다. 일용근로소득은 지급할 때 원천징수로 과세가 끝나는 분리과세입니다. 다만 일용직으로 신고했지만 실질이 상용 근로자라면 연말정산 대상이 됩니다.

Q. 연말정산 환급금은 회사가 먼저 주나요? 회사가 2월분 급여에 반영해 먼저 지급하고, 회사는 그달 납부할 원천징수세액에서 차감합니다. 차감액이 납부액보다 크면 환급 신청으로 돌려받습니다.